Development of computational tools to assist in the reconstruction of molecular networks

Author

Usié Chimenos, Anabel

Codirector

Alves, Rui

Solsona Tehàs, Francesc

Date of defense

2014-01-28

Legal Deposit

L.1715-2013

Pages

195 p.



Department/Institute

Universitat de Lleida. Departament de Ciències Mèdiques Bàsiques

Abstract

L'objectiu d'aquesta tesi és desenvolupar i implementar un conjunt d'eines de mineria de dades per ajudar en la reconstrucció de circuits biològics a través de l'anàlisi i la integració de grans conjunts de dades biològiques. Aquests circuits són importants perquè regulen tots els processos que controlen la vida i la salut dels organismes. El treball principal de la tesis es centra en l'anàlisi de les dades bibliòmiques desenvolupant-se dues eines, Biblio-MetReS per la reconstrucció de xarxes de PPIs i la identificació dels processos en què intervenen aquestes xarxes, i CheNER per la identificació de noms de compostos químics. L'eina final desenvolupada es centra en la integració de mètodes per a l'anàlisi estructural i modelització de proteïnes amb mètodes d'acoblament per a la predicció de complexos físics de proteïna-proteïna.


El objetivo de esta tesis es desarrollar e implementar un conjunto de herramientas de minería de datos para ayudar en la reconstrucción de circuitos biológicos a través del análisis y la integración de grandes conjuntos de datos biológicos. Estos circuitos son importantes porque regulan todos los procesos que controlan la vida y la salud de los organismos. El trabajo principal de la tesis se centra en el análisis de los datos bibliómicos, desarrollándose con este fin dos herramientas diferentes, Biblio-MetReS para la reconstrucción de redes PPIs y la identificación de los procesos en que intervienen estas redes, y CheNER para la identificación de nombres de compuestos químicos. La herramienta final que he desarrollado se centra en la integración de métodos para el análisis estructural y modelado de proteínas con métodos de acoplamiento para la predicción de complejos físicos de proteína-proteína.


The aim of this thesis is the development and implementation of a set of data mining tools to aid in the reconstruction of biological circuits through analysis and integration of large biological datasets. These circuits are important because they regulate and maintain life and health in organisms. The main part of the thesis is focused on analyzing bibliomic data for which I develop two tools, Biblio-MetReS for the reconstruction of PPIs networks and to identify the processes in which the networks are involved, and CheNER for the identification of chemical compounds names. The final tool developed focuses on the integration of methods for structural analysis and modeling of proteins with docking methods for prediction of native protein-protein physical complexes.

Keywords

Biologia de Sistemes; Mineria de dades; Interacció de proteïnes; Docking; Reconstrucció de xarxes; Biología de Sistemas; Minería de datos; Interacción de proteínas; Systems Biology; Text-mining; Protein-protein interactions

Subjects

577 - Material bases of life. Biochemistry. Molecular biology. Biophysics

Knowledge Area

Bioquímica i Biologia Molecular

Documents

Taiuc1de1.pdf

3.478Mb

 

Rights

ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.

This item appears in the following Collection(s)