Computational tool for visualization, analysis and comparison of epigenomes

Author

Reina García, Óscar

Director

Stephan-Otto Attolini, Camille

Azorín, F

Date of defense

2018-04-10

Pages

167 p.



Department/Institute

Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut

Doctorate programs

Programa de doctorat en Biomedicina

Abstract

We developed a computational framework implemented as an R package for generation, visualization and functional and differential analysis of epigenome maps. Methods are provided for integrating and comparing data from different conditions or biological backgrounds, accounting and adjusting for systematic biases in order to provide an efficient and statistically robust base for differential analysis. We also provide methods for general data assessment and quality control, such as functions to study chromatin domain conservation between epigenomic backgrounds, to detect gross technical outliers and to help in the selection of candidate marks for de-novo epigenome mapping.


Hem desenvolupat una metodologia computational implementada en forma de paquet pel llenguatge R per la generació i visualització de mapes epigenòmics, així com per dur a terme el seu anàlisi funcional i diferencial. Proporcionem mètodes per la integració i comparació de dades provinents de diferents condicions, identificant i eliminant biaixos sistemàtics per obtenir una base amb robustesa estadística per l'anàlisi diferencial. També proporcionem funcions per dur a terme un control de qualitat de les dades, per estudiar la conservació i integritat dels dominis de cromatina, per detectar errors tècnics i per ajudar en la selecció de factors epigenètics candidats per la generació de mapes epigenòmics 'de-novo'.

Keywords

Epigenetics; Visualization; Analysis; Functional; Differential; Epigenètica; Visualització; Anàlisi; Funcional; Diferencial

Subjects

575 - General genetics. General cytogenetics

Documents

torg.pdf

6.220Mb

 

Rights

ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.

This item appears in the following Collection(s)