Peptime-mediated interactions in high-resolution 3-dimensional structures

Author

Stein, Amelie

Director

Oliva Miguel, Baldomero

Aloy, Patrick

Date of defense

2010-06-11

ISBN

978-84-694-1266-4

Legal Deposit

B.5522-2011



Department/Institute

Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut

Doctorate programs

Programa de doctorat en Biomedicina

Abstract

Proteins and protein interactions are involved in virtually all processes of life. Here we study interactions between globular domains and short linear motifs, which form a small interface ideal for transient interactions. Despite the small number of contacts involved, these domain-motif interactions (DMIs) are known to be highly specific in vivo. We have identified hundreds of instances of DMIs in high-resolution 3-dimensional (3D) structures to analyze the molecular basis of their high specificity. Furthermore, we have derived structural parameters to identify DMIs in 3D structures in a more general, motif-independent way. An important class of DMIs are kinase-substrate interactions. By combining the phosphorylation motif with different kinds of contextual information, we could predict substrates of the human kinase Aurora A. Lastly, we have incorporated DMIs into our database of 3D interacting domains (3did) to disseminate our results to the scientific community for future research. <br/><br/>Los procesos moleculares subyacentes a la mayoría de funciones biológicas implican la participación directa de una infinidad de proteínas y múltiples interacciones entre ellas. En esta tesis estudiamos un tipo particular de estas interacciones, de carácter transitorio y altamente específicas, dónde un dominio globular en una proteína reconoce un corto péptido lineal en otra (DMIs). En concreto, identificamos múltiples casos de DMIs en estructuras tridimensionales (3D) de alta resolución y analizamos las bases moleculares de su especificidad. Además, derivamos parámetros estructurales globales que nos permiten identificar nuevos casos de DMIs. Así mismo, y como caso práctico, combinamos el motivo de fosforilación propio de la quinasa humana Aurora A con diversas clases de información contextual para predecir y validar 90 nuevos substratos. Por último, incorporamos las caracterizadas DMIs en nuestra base de datos de interacciones en 3D (3did) con el fin de diseminar nuestros resultados entre la comunidad científica.

Keywords

predicció de substracte; xarxa de fosforilació; especificitat; especificitat contextual; Aurora A; Aurora cinasa; interaccions domini-motiu; motius lineals; motius lineals curts; reconeixement de dominis; estrucutres 3Ds; interaccions mediades per pèptids; interaccions entre proteïnes; phosphorylation network; substrate prediction; Aurora kinase; Aurora A; specificity; contextual specificity; short linear motifs; recognition domains; 3D structures; linear motifs; domain-motif interactions; peptide-mediated interactions; protein interactions

Subjects

577 - Material bases of life. Biochemistry. Molecular biology. Biophysics

Documents

tas.pdf

33.60Mb

 

Rights

ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.

This item appears in the following Collection(s)