Qm and qm/mm studies on organic and bioinorganic systems

Autor/a

Nonell Canals, Alfons

Director/a

Maseras Cuní, Feliu

Codirector/a

Villà Freixa, Jordi

Data de defensa

2008-10-16

Dipòsit Legal

T-1277-2008



Departament/Institut

Universitat Rovira i Virgili. Departament de Química Física i Inorgànica

Resum

En els darrers anys, les millores tant a nivell de maquinari com a nivell de programari han suposat un gran avenç, per la química computacional, ajudant-la a estar cada vegada més a prop dels problemes reals de la química i la bioquímica.<br/>Així doncs, si fins fa uns anys per descriure un sistema només es podia fer amb un nombre molt limitat d'àtoms, actualment la millor eficiència dels mètodes de mecànica quàntica (QM) i la possibilitat de fer càlculs híbrids (QM/MM), barrejant la mecànica quàntica amb la molecular (MM), fan créixer enormement les possibilitats de càlcul.<br/>En aquesta tesi es recullen alguns exemples d'aplicacions dels mètodes QM i QM/MM de la química computacional en diferents situacions de sistemes orgànics (estabilitat dels 4-ehlicens, síntesi assimètrica de 5-helicenoquinones i l'ús de salts de guanidini com a catal·litzadors ens organocatàl·lisi) i de sistemes bioinorgànics (estudi de les format deshidrogenases per entendre l'efecte del seleni i el metall en el centre actiu).


The application of computational chemistry has been expanding in recent years. It is due the huge increase of the available computer resources and the improvement of more effective software. It helps the computational chemistry to become increasingly closer to understand and solve key chemical problems.<br/>Some years ago, only small systems with a reduced number of atoms can be studied. Nowadays, the better efficiency of the quantum mechanics methods (QM) plus the possibility to work with hybrid (QM/MM), mixing quantum mechanics and molecular mechanics methods, implies a huge increment of possibilities.<br/>In this thesis, some applications of QM and QM/MM are summarized and different organic (thermal stability of 4-helicenes, asymmetric synthesis of 5-helicenequinones and the application of guanidinium salts derivatives as organocatalyst) and bioinorganic (study the role of selenium and molybdenum or tungsten in the active center of the formate dehydrogenases enzymes) have been studied.

Paraules clau

càlculs; química física; guanidina; helicens; selenocisteïna

Matèries

54 - Química; 544 - Química física; 57 - Biologia; 577 - Bioquímica. Biologia molecular. Biofísica

Documents

tesi.pdf

10.15Mb

 

Drets

ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.

Aquest element apareix en la col·lecció o col·leccions següent(s)