Computational tool for visualization, analysis and comparison of epigenomes

Abstract

We developed a computational framework implemented as an R package for generation, visualization and functional and differential analysis of epigenome maps. Methods are provided for integrating and comparing data from different conditions or biological backgrounds, accounting and adjusting for systematic biases in order to provide an efficient and statistically robust base for differential analysis. We also provide methods for general data assessment and quality control, such as functions to study chromatin domain conservation between epigenomic backgrounds, to detect gross technical outliers and to help in the selection of candidate marks for de-novo epigenome mapping.

Hem desenvolupat una metodologia computational implementada en forma de paquet pel llenguatge R per la generació i visualització de mapes epigenòmics, així com per dur a terme el seu anàlisi funcional i diferencial. Proporcionem mètodes per la integració i comparació de dades provinents de diferents condicions, identificant i eliminant biaixos sistemàtics per obtenir una base amb robustesa estadística per l'anàlisi diferencial. També proporcionem funcions per dur a terme un control de qualitat de les dades, per estudiar la conservació i integritat dels dominis de cromatina, per detectar errors tècnics i per ajudar en la selecció de factors epigenètics candidats per la generació de mapes epigenòmics 'de-novo'.