Gene regulatory networks in pancreatic islets and insulinoma

Autor/a

Norris, Richard

Director/a

Pasquali, Lorenzo

Tutor/a

Abril Ferrando, Josep Francesc, 1970-

Data de defensa

2021-10-13

Pàgines

140 p.



Departament/Institut

Universitat de Barcelona. Facultat de Biologia

Resum

Insulinomas are extremely rare pancreatic neuroendocrine (PNET) tumours that develop from the β-cells of the pancreas.β-cells are the only cells capable of producing the hormine insulin, and play a major role in glucose homeostasis but have extremely low proliferative ability under normal physiological conditions. Insulinomas feature dysregulation of insulin secretion and aberrant proliferation. Insulinoma development has been associated with genetic and epigenetic alterations leading to loss of cell fate. We collected a large set of insulinoma and human islet samples, and utilised published data from other PNETs. ChIP-seq of H3K27ac, ATAC-seq and RNA-seq were performed to infer the regulatory landscape of insulinomas and control samples. In silico pipelines and analyses methods were developed in order to characterise the β-cell physiological and aberrant regulatory networks, across different layers of gene regulation. By comparing unaffacted pancreatic islets and insulinomas I have identified widespread changes in enhancer activity and gene expression. I have described the gene-regulatory landscape of insulinomas, identified putative drivers and mechanisms of tumour development, and built thefirst insulinoma-specific gene regulatory networks.

Paraules clau

Expressió gènica; Expresión génica; Gene expression; Bioinformàtica; Bioinformática; Bioinformatics; Genòmica; Genómica; Genomics; Endocrinologia; Endocrinología; Endocrinology; Epigenètica; Epigenética; Epigenetics

Matèries

575 - Genètica general. Citogenètica general. Immunogenètica. Evolució. Filogènia

Àrea de coneixement

Ciències Experimentals i Matemàtiques

Nota

Programa de Doctorat en Biomedicina / Tesi realitzada a l'Institut de Recerca Germans Trias i Pujol (IGTP) i a la Univeristat Pompeu Fabra (UPF)

Documents

RICHARD NORRIS_PhD_THESIS.pdf

29.14Mb

 

Drets

ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.

Aquest element apareix en la col·lecció o col·leccions següent(s)